W dniu 25 listopada 1982 r. kard. Józef Glemp, arcybiskup metropolita gnieźnieński, Prymas Polski, erygował parafię pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Toruniu.
Z dniem 1 lutego 1983 r. proboszczem parafii został mianowany ks. Kazimierz Nowaczyk.

Dla nowej parafii, ks. prałat Józef Batkowski, ówczesny dziekan gniewkowski, wynajął na cele duszpasterskie pomieszczenia w domu jednorodzinnym, należącym do państwa Janiny i Piotra Zielińskich, przy ul. Marchlewskiego 74 (obecnie Hallera). Pierwsza Msza św. została odprawiona w środę popielcową, dnia 16 lutego 1983 r.

Tego samego roku, 8 września, w święto Narodzenia NMP, parafia otrzymała zezwolenie na budowę kaplicy. Jej budowa, na działce podarowanej przez panią Olgę Woźniak, przebiegała w zaskakująco szybkim tempie. Z końcem września zakończono prace związane z położeniem fundamentów, a już po trzech miesiącach, w dzień odpustu parafialnego - 8 grudnia 1983 r., biskup Jan Czerniak poświęcił kaplicę.

1 lipca 1985 r. proboszczem parafii został mianowany ks. Zbigniew Andrzejewski. Dzięki staraniom duszpasterza w dniu 5 czerwca 1986 r. pozyskano zezwolenie na budowę kościoła. Teren został ofiarowany przez państwo Genowefę i Henryka Baranowskich. Już tego samego dnia przystąpiono do pierwszych prac budowlanych.

Dnia 27 czerwca 1987 r. poświęcono fundamenty nowej świątyni i wmurowano kamień węgielny, który został wyjęty z fundamentów bazyliki pw. św. Wojciecha w Gnieźnie. Poświęcenia dokonał kard. Józef Glemp, Prymas Polski.

25 marca 1992 r. - na mocy bulli papieskiej Totus Tuus Poloniae Populus - parafia wraz z dekanatem Toruń - Podgórz została włączona do nowo utworzonej Diecezji Toruńskiej.

Dnia 31 października 1993 r. kościół został oddany do użytku wiernych i rozpoczęto w nim regularne sprawowanie nabożeństw. Jednocześnie zapoczątkowano prace związane z przebudową dotychczasowej kaplicy na dom parafialny.

Do najważniejszych przeżyć religijnych, które przyczyniły się do umocnienia wspólnoty parafialnej, należy zaliczyć:

• nawiedzenie relikwii św. Wojciecha w dniach 7 - 8 maja 1994 r.;
• wizytę Apostolską Ojca Świętego Jana Pawła II w Toruniu, dnia 7 czerwca 1999 r.;
• Misje Ewangelizacyjne przed Wielkim Jubileuszem Roku 2000, które odbyły się w dniach 9 - 17 października 1999 r.;
• nawiedzenie kopii obrazu Jezusa Miłosiernego, dnia 24 września 2002 r.;
• poświęcenie nowej świątyni, którego dokonał Andrzej Suski, Biskup Toruński, w dniu 24 września 2000 r.;
• obchody jubileuszowe 25-lecia istnienia parafii, pod przewodnictwem Biskupa Toruńskiego, w dniu 08 grudnia 2007 r.;
• Misje Parafialne, przeprowadzone w dniach 18 - 26 września 2010 r.
• W roku 2011 parafia włączyła się w ogólnopolską akcję duszpasterską pod nazwą "Noc konfesjonałów".
• W dniach 10 - 11 września 2012 r. przeżywaliśmy pod przewodnictwem Biskupa Toruńskiego Andrzeja Suskiego Nawiedzenie Wizerunku Matki Bożej Częstochowskiej. Peregrynacja poprzedzona została rekolekcjami prowadzonymi przez Ojców Paulinów.

Od 2011 roku przeprowadzono następujące inwestycje:

• Przy budynku kościoła:
  • 2 lipca 2011 r. rozpoczęto prace tynkarskie kościoła parafialnego, a zakończono 26 stycznia 2012 roku.
  • wykonano nowy krzyż misyjny;
  • wymiana oświetlenia (żarówki ledowe);
  • rodzina ks. Krzysztofa Olasia - z okazji święceń kapłańskich - ufundowała dla kościoła drewnianą figurę Matki Bożej Niepokalanie Poczętej - patronki parafii;
  • biuro parafialne zostało wyposażone w nowe umeblowanie;
  • zakupiono przenośne nagłośnienie procesyjne;
  • zakupiono nagłośnienie dla scholi parafialnej;
  • zakupiono nowy piec do ogrzewania kościoła;
  • przesunięto ambonkę, co poszerzyło strefę liturgiczną w prezbiterium;
  • umieszczono obraz św. Jana Pawła II;
  • przygotowano stałe miejsce dla relikwiarza Świętego;
  • podjęto wymianę ławek - według pierwotnego wzoru.
• Przy domu parafialnym:
  • odbudowano zniszczone przez czas i erozję kominy i kanały wentylacyjne;
  • wymiana oświetlenia (żarówki ledowe);
  • zakupiono nowy piec do ogrzewania plebanii;
  • pokryto nową warstwą papy dach plebanii, wykonano nowe opierzenia z blachy ocynkowanej;
  • częściowo wymieniono rynny i rury spustowe;
  • ocieplono watą mineralną poddasze budynku;
  • ocieplono styropianem ściany budynku;
  • wykonano barwną elewację, upodobnioną kolorystycznie do budynku kościoła;
  • na poziomie parteru i piwnicy - wymieniono okna na plastikowe;
  • wykonano czwarty garaż pod budynkiem;
  • wszystkie garaże zostały wyposażone w automatyczne bramy garażowe;
  • ułożono nowe podjazdy do garaży z kostki polbrukowej oraz uzupełniono fragment chodnika przy plebanii.